ההרשאות במערכת טיפולוג הינן פרטניות לכל משתמש במערכת ומספקות הרחבות ופונקציונאליות נוספת למשתמש. בנוסף ישנו מערך הרשאות בכרטיסי המטופלים אשר נוגע למידע אליו יהיו נגישים המטפלים.

במערכת טיפולוג ישנם ארבעה סוגי הרשאות משתמשים: מנהל אדמיניסטרטור, מטפל, מנחה ומנהל. לכלל סוגי העובדים ישנו יומן פגישות נפרד.

את ההרשאה קובעים תחת כרטיס עובד (חדש או במצב עריכה) בשדה סוג הרשאה.

לכל סוג הרשאה שנייצר ישנן אפשרויות נוספות הנפתחות בהתאם. לעיתים תחת הגדרות מערכת נצטרך לסמן אופציה רצויה בכדי שהרשאות אילו יופיעו.

מנהל אדמיניסטרטור - משתמש מסוג מנהל אדמיניסטרטור פתוח ונגיש להכל, כולל עריכת הגדרות ארגון, קביעת תצורת המערכת, מתן הרשאות ועוד. לכן עדיף שלא כל העובדים יוגדרו כמנהל אדמיניסטרטור ולא יהיו חשופים בפני כל המידע.

למשתמש מסוג מנהל אדמיניסטרטור ניתן להוסיף הרשאה לצפות ביומנים של מטפלים אחרים (תלוי סימון תיבה בהגדרות מערכת - אפשר למנהלים לראות יומנים של עובדים).

מטפל או מנחה - למשתמשים מסוג מטפל או מנחים ניתן לקבוע כי יוכלו לצפות במידע פיננסי. משתמש מסוג מטפל חשוף אך ורק למטופלים המשוייכים אליו ובנוסף תלוי מתן סוג הרשאה בכרטיס המטופל.

בכרטיסי מטופלים ישנו שדה שנקרא "הרשאת מטפל עיקרי ( ניתן להוסיף הרשאות לאחר שמירה )". יש לבחור בשדה זה את המטפל של אותו מטופל, אחרת כרטיס המטופל לא יהא נגיש עבור המטפל. לאחר שמירה של הרשאת מטפל עיקרי ניתן לשייך מטפלים נוספים ולקבוע עבורם הרשאות ספציפיות ברמה של ניהול המטופל:

מנהל - משתמש מסוג מנהל הינו משתמש עם פונקיונאליות מורחבת. ניתן להסתיר שדות תרשומת אישית ותיעוד טיפול, ניתן להסתיר מידע פיננסי, ניתן להוסיף הרשאה לצפייה ביומנים של מטפלים אחרים וניתן להגביל גישה למטופלים ספציפיים(עפ"י סטטוס מטופל).

לדוגמא, נרצה לייצר כרטיס עם הרשאת מנהל, כאשר נרצה להגבילו בצפייה של רשומה רפואית ונרצה לאפשר גישה ליומנים של אחרים, דוגמא זו אידיאלית למנהלנים שכן אינם רשאים לצפות במידע רפואי אך רוצים לנהל יומני פגישות.

מנהל בעל הרשאות אילו יוכל לנהל גבייה ולקבוע פגישות לכלל המטפלים בארגון.